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抗日战争初期，沦陷区各地百姓流离失所，形成涌入珠三角的难民潮。香港英军失守之后，大批香港难民加入了这支流亡大军。当时广州当局把原南石头惩戒场改为“广东省南石头难民收容所”，原意是将粤港难民和流浪街头、无家可归的乞丐集中收容救济。难民们万万没有想到，自己后来竟然陷入了日军在华南施行惨无人道的细菌战试验的魔窟，充当了“活人试验品”，其中也包括南石头本地一些为免饿死而进入的贫苦居民。

在华南负责研施细菌战、番号叫“旧军波字8604部队”的组织，是罪恶昭著的侵华日军细菌部队“731部队”的4个分支机构之一。它1939年在广州组建，对外称为“华南防疫给水部”，除附带负责为日军执行防疫给水任务外，实际工作是进行细菌战研究。它的大本营在广州市百子路(今中山二路)原国立中山大学医学院图书馆大楼内，试验场则在南石头难民收容所。

对于人间蒸发的粤港难民，目前也没有一个准确的数字，谭教授说，香港在沦陷前有160万人口，这其中包括部分从广州逃到香港避难的广州难民。香港沦陷后，1942年1月，香港的日军政厅企图把市民赶出占领区，无法度日的难民约近百万人涌向广州。军方为了保持广州市的治安稳定，不让他们进入广州市，而关在南石头难民收容所里，施以惨无人遭的细菌战。据幸存者说，遇害者有上十万人！